Das LWL-Museum für Naturkunde ist mittlerweile schon über 130 Jahre alt. Am 10. Februar 1892 hat das damalige "Westfälische Provinzialmuseum für Naturkunde" neben dem alten Zoogelände an der Himmelreichallee in Münster erstmals Gäste empfangen. Prof. Dr. Hermann Landois hat die Gründung eines separaten Naturkundemuseums auf dem Gelände des Zoos angeregt. Er wurde auch erster ehrenamtlicher Leiter des Museums. Der Träger war schon damals der Westfälische Provinzialverband, der Rechtsvorgänger des LWL. Die Gründung erfolgte auf das Bestreben eines aktiven Kreises ehrenamtlicher Naturforschenden hin, die sich eine zentrale Anlaufstelle wünschten.

Das erste Gebäude wurde auf einem Grundstück des Provinzialverbandes neben dem alten Zoogelände an der Himmelreichallee in Münster erbaut. Der deutlich größere Neubau an der Sentruper Straße wurde 1982 eröffnet. Mit dem Neubau wurde das Großplanetarium als fester und wichtiger Bestandteil des Museums integriert. Etwa 40 Jahre später hat der LWL im Juli 2022 das Planetarium als eines der modernsten Planetarien in Europa im LWL-Museum für Naturkunde nach 18-monatiger Umbauzeit wiedereröffnet. Es hat sich schnell zu einem Publikumsliebling entwickelt. Viele neue Shows feierten im sanierten Planetarium bereits Premiere. Die Kombination von Naturkundemuseum und Großplanetarium ist bis heute in Deutschland einmalig.

Der Erfolg des Mehrspartenhauses liegt zum großen Teil an dem Engagement der Museumsmitarbeiter:innen und vieler Ehrenamtlichen, die sich dem Haus verbunden fühlten. Deswegen wird das LWL-Museum 2023-2025 mit einem Anbau, dem "Forum für Naturwissenschaften", zu einem Kompetenzzentrum für hauptamtliche und ehrenamtliche Forschende weiterentwickelt.

Schon vor zehn Jahren ging das Museum die ersten Schritte Richtung Klimaneutralität. 2011 wurde das Gebäude energetisch saniert und mit einer Rundumdämmung und einer Pelletheizung ausgestattet. Dafür wurde es 2013 mit dem "Green Building Award" ausgezeichnet. Bis 2030 soll der LWL klimaneutral werden und das LWL-Museum für Naturkunde wurde dabei zu einem der Pilotprojekte. Um den Weg Richtung Klimaneutralität konsequent weiter zu beschreiten, wurde 2022 eine 670 Quadratmeter große Photovoltaikanlage auf dem Flachdach des Museumsgebäudes installiert.